El Museo se formó siguiendo las pautas del Museo Pedagógico Nacional y se dispuso en varias secciones temáticas, entre las que destacan las de mineralogía, petrología, paleontología, etnología, arqueología, botánica y zoología; esta última contaba con una amplia representación de la avifauna española y algunos ejemplares de mamíferos, ofidios, artrópodos, moluscos y equinodermos.
Incluye un texto manuscrito de Jorge Fliedner indicando el nombre, composición química, procedencia y principales usos de cada uno de los minerales. Su disposición en una caja fácilmente transportable permitía un uso intensivo en el aula. Es un excelente ejemplo de la importancia que se daba en el colegio al desarrollo de la capacidad de observación y al conocimiento de las relaciones entre diferentes fenómenos naturales y distintas áreas de las ciencias naturales y de la industria. Esta colección portátil se completaba con otra de minerales y rocas, mucho más amplia, disponible en el museo.
Formada por: un ammonite, un cáliz de crinoideo y restos de tallos, trilobite, cefalópodo con un corte donde se ve el proceso de fosilización, dos clypeaster, fósiles vegetales no identificados, equipecten, gryphea, mytilus, hyldocera, dicera y dos ostreas, una de gran tamaño (42 x 20,5 x 10 cm).
Formada por un hacha bifaz del Paleolítico Inferior, cuatro puntas de lanza y cinco puntas de flecha del Paleolítico Superior, cuatro hachas de diferentes tamaños del Neolítico, un tosco del Neolítico, y una punta de flecha de metal (Edad del Hierro).
La caja contiene un papel identificativo: «Ibis – Mumie». Fue el padre de Federico Fliedner, Teodoro, quien realizó a mediados del siglo XIX diversos viajes a Alejandría de los que regresaba a Alemania con restos arqueológicos egipcios a modo de souvenirs. Hace varios años, la Fliedner-Kulturstiftung de Kaiserswerth habilitó una sala del Museo de Enfermería para exponer estas piezas egipcias. Suponemos que algún miembro de la familia Fliedner trajo a Madrid esta momia para incorporarla al Museo Escolar de El Porvenir.